근대대학시대도 크게 3기로 나눌 수 있는데 제1기는 개화기, 제2기는 수난기, 제3기는 발전기로 나눌 수 있다. 그 중에 개화기는 1895년에서 1910년까지, 즉 을미년 성균관이 근대적인 대학으로 발족한 때부터 일제에 의한 국권침탈 때까지가 이에 해당된다.

1895년 칙령으로 성균관에 3년제 경학과를 설치하고 역사학, 지리학, 수학 등 각종 강좌를 개설하는 동시에 교수임명제, 입학시험제, 졸업시험제를 실시하고 학기제, 연간의 수업일수, 주당 강의시간수를 책정하는 등, 제도상 근대적인 개혁을 단행하였다. 그리하여 성균관은 고전대학으로부터 근대대학으로 일대 전환을 이루게 되었다.

수난기는 1910년 일제에 의하여 경학원 안에 명륜학원이 설치되고, 다시 명륜전문학원이 되었다가 1942년 명륜 전문학교로 승격되었다. 그러나 이 고등학교기관은 과거 최고국립대학인 성균관의 정통을 계승한 것으로는 볼 수 없다. 그 정통의 계승은 후에 성균관대학의 설립으로 실현되는 것이다. 그조차도 명륜전문학교는 민족해방 1년전인 1943년 명륜연성소로 개편되어 그 빛을 잃게 되었다.